Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Mon, May 22, 2023 7:28 AM
Thu, Jun 13, 2024 1:06 AM
17
4
基因：人類最親密的歷史
The Gene: An Intimate History
基因：人類最親密的歷史 - 辛達塔．穆克吉 | Readmoo 讀墨電子書
Jeany讀書
讀嘛讀嘛
我覺得這本書讓我想到了之前之前讀的其他書，包含之前講
24個最受歡迎的心理學故事
裡、為何二十世紀前半段心理學的發展都環繞著［先天遺傳VS後天教養的］的爭論；
二十世紀的主義們
牛津非常短講
裡的社會主義、共產主義發展，以及都市規劃設計史談到的
明日田園城市
明日城市
，當時的政治、戰爭，也和基因、遺傳互相呼應，尤其是納粹完全以優生學為核心、發展出來的種族清洗。
一切突然都有串起來的感覺呀！
愛湊熱鬧的 array
@arrays
Mon, May 22, 2023 7:50 AM
筆記！
愛湊熱鬧的 array
@arrays
Mon, May 22, 2023 8:49 AM
我以前上台，開場白常常是：
小孩像爸爸 ，基因
小孩像鄰居，環境
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Mon, May 22, 2023 6:33 PM
Mon, May 22, 2023 7:07 PM
愛湊熱鬧的 array
: 你這句話會讓我很想接「隔壁老王表示：其實是環境，也是基因⋯」
😅
hatershater
@hatershater
Mon, May 22, 2023 6:37 PM
愛湊熱鬧的 array
: 這開場白好好笑！
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Mon, May 22, 2023 6:44 PM
其實這本書並不是一本講基因是什麼的科普書，而是一本講圍繞著遺傳和基因的自然研究發展史。
從最古老的西元前350年，亞里士多德主張遺傳資料是以一種訊息的方式來傳遞開始談。
亞里士多德真的是閒著沒事都在思考萬物萬事，什麼事都提出了一些想法。我覺得這樣的人生好像也蠻酷的？
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Mon, May 22, 2023 6:47 PM
Mon, May 22, 2023 7:04 PM
有一本書叫世界觀，是一本講科學哲學與科學史。
那本書我覺得也蠻有趣的，在講我們經歷了三個主要的世界觀，古希臘羅馬的世界觀，牛頓的機械宇宙世界觀，以及愛因斯坦開始討論相對論，進而引發了廣義相對論、狹義相對論從而導致了量子力學的討論，以及我們現在資訊科技的世界觀。
一個完整的世界觀都是邏輯自洽，了解當時普遍的世界觀，才會知道當時人的思考方式和限制，為什麼他們會做出這樣的那樣的判斷與決定。
不能拿清朝的法斬明朝的官，需要了解當時的環境和脈絡，不然其實很難真的去了解這些人提出的看法，所冒的風險有多大。像法律史，可能會覺得當時的法律怎麼可以如此嚴厲愚昧，或像心理學史，裡面有一大堆現在看來毫無倫理的做法，但放當在當時的時空背景是可以被接受的。
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Mon, May 22, 2023 6:47 PM
Tue, May 23, 2023 1:39 AM
所以這是為什麼我覺得這本書好像突然讓我覺得之前看的書都串連起來，豁然開朗，是一個很有趣的體驗。
@jeanylin - #世界觀：現代年輕人必懂的科學哲學和科學史 Worldviews：An Intr...
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Mon, May 22, 2023 6:59 PM
1859年達爾文發表了《物種起源》。
1865年孟德爾發表了他的豌豆實驗，發現獨立的遺傳單位。沒看這本書我都不知道他在修道院七年種了28000株豌豆，紀錄40000朵花，近四十萬顆豌豆。一一紀錄。為了控制變異，每一朵花都是為了避免自花授粉、需要先把花藥摘掉，人工授粉。
這實在是超級大的工作量，在修道院整整七年都在做這件事。
其實他當教區神父當得不好，結結巴巴講道沒人聽，又當不了貧苦教民的心理諮商，所以想去高中自然老師。但資格考沒過（考物理、化學、動植物學），念了兩年大學，考前生病，還是沒考過，所以只能代課。
後來變成修道院長行政事務太忙了，就沒辦法繼續他的實驗了。
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Mon, May 22, 2023 7:25 PM
1830-1840間，有個天文學家改行的生物學家凱特勒把5738名士兵的胸圍和身高製作出統計圖表，發現了鐘形曲線分佈。
從1859年達爾文《物種起源》發表之後，1869年達爾文的表弟高爾頓發表《遺傳天賦》，1883年，達爾文去世一年後，高爾頓出版了一本書《探索人類才能及其發展》，創造「優生學」一詞，人類干預加速改良人類的過程。
高爾頓丈量所有人類特徵，由於沒有工具，使用劍橋數學能力考試的分數代表智力（話說他本人當年不及格），身高體重、手臂長度、女人的美醜，等等，製作出各式各樣的常態分佈圖，和家族史與血統純正的關聯，高爾頓也創造了「先天與後天」nature versus nurture 一詞。他主張，卓越的表現乃是遺傳而來。
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Mon, May 22, 2023 7:28 PM
總之，小時候生物課本講到孟德爾的豌豆，但並沒有講他這個發現在一個超級小的期刊宣讀，沒人知道地默默過了三十幾年，一直到另外有兩個人也發現了。
所以整個二十世紀初，1900-1909，都在重新發現孟德爾的著作、創造了基因 gene 一詞。雖然看起來高爾頓在20世紀初，他也變成主要論戰的人。
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Mon, May 22, 2023 8:04 PM
1905年，高爾頓在倫敦經濟學院發表公開演講，提出優生學應該「像一派新宗教，推廣到民族意識之中」，建議選擇強者加以培養（積極優生學）。
精神病學家莫利斯提出質疑，建議必需謹慎，但其他人卻督促加速進行。
小說家威爾斯在1895年寫出《時間機器》，想像出由於近親繁殖而衰敗的未來，因此他提出另一個方向：選擇性地淘汰弱者（消極優生學）。
貝特森最後發言，指出高爾頓建議用人的表相（生理和心理個性），但真正的信息不在表象而在基因。
當時的社會背景，1867讓不列顛勞工階級男性有投票權，1906議會有29席落入工黨。當時的菁英擔心低俗的人 (mean men) 會生出一堆孩子，讓人更低俗，主宰基因庫，把國家拖垮。
1911年，高爾頓同僚艾利斯鼓吹絕育理念：「⋯我們要培養秩序感，鼓勵同情和遠見，連根拔除種族的野草。」
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Mon, May 22, 2023 8:23 PM
Mon, May 22, 2023 11:06 PM
看到這一點的時候，我就想到以前看的都市規劃史。
19、20世紀初，當時農業經濟嚴重衰退，大量失業農民移居城市裡，聚集在大都市裡廣大貧民窟裡，有數百萬貧困者，治安極差，時有暴動。各大都市都有，但倫敦在1880中期最為明顯。
當時各個領域的人都想解決這個問題。都市規劃來說，有三個流派試著解決：
其中一個流派是以霍德爾試著提出的花園都市的概念：他在1898年提出《明日：一條通往真正改革的和平之路》，增修內容後，1902年以《明日的花園城市》重新發行。有興趣可以去看一下那本書的中文版。他提出了一個自己自足的城鎮，把花園、住宅區、工業區分得好好的，井然有序。
柯比意則是提出拆遷舊城市、重新用更高密度的高樓城市以及紀念性建築、和外環綠帶來取代。
@jeanylin - 把以前的心得放過來一下。 #明日城市 Cities of Tomorrow #J...
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Mon, May 22, 2023 8:35 PM
Mon, May 22, 2023 11:07 PM
這個時期如果去看心理學史的發展，比如說上次看的
24個最受歡迎的心理學故事，
會發現 1900-1945 的心理學進展，也有非常多環繞著智力測驗量表的發展（想要找出更好衡量優生學標準的工具）、行為心理學的發展（用獎懲機制來鼓勵或處罰某種行為）、教育心理（蒙特梭利）、人格測驗量表的發展等等。
上面提到的高爾頓，也是這本書裡面的第7個故事。
他本身是個很聰明的人，也是孜孜不倦的研究者，他是最早開創問卷調查的統計方法的人，開始了同卵雙胞胎研究，開啟了智力測驗和統計相關係數的研究，測量指紋並使得指紋辨識在刑事系統中發揮用途。把人類放在演化脈絡中，預見了現代人類學、社會生物學和演化心理學的發展。提出的「先天VS後天」時至今日仍然是重大討論。
@jeanylin - #24個最受歡迎的心理學故事 ：野孩子、女巫獵殺到巴甫洛夫的狗，揭開隱藏在實驗背...
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Mon, May 22, 2023 8:50 PM
Mon, May 22, 2023 11:07 PM
我覺得這個時期，很大程度就像《世界觀》裡提出的機械宇宙，追求精準、秩序和因果論，只要控制了變因、就可以控制結果。
所以當時貧民窟的亂象，以及勞工階級這些開始有投票權，但自己都照顧不好自己還生了一大堆小孩的mean men 低俗人口，肯定非常沒有秩序啊！
這個想法在解決市政問題，就產生要做都市規劃的起頭，所以有了工整的花園城市，甚至像柯比意希望的把舊都市給拆了、重新蓋一個整整齊齊的新都市（我小時候玩模擬城市也常逛有這種衝動）。
反應在人類和政治，就是希望未來的人類整整齊齊、都是更高尚更優秀的人類，優生學會影響到政治風潮。
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Mon, May 22, 2023 9:00 PM
Mon, May 22, 2023 9:17 PM
這本書講到了共產主義和納粹主義是一體兩面，基於完全對立的兩個遺傳關念，結果卻很相似。肯定或否定遺傳/基因的存在，成為強力的政治和文化工具。
納粹認為遺傳固定不變，所以需要清洗種族和基因。
而1930年代的蘇聯左派科學家和知識分子認為雖然有個體差異，但一切都是環境造成的，主張基因是「遺傳學者的發明」來證明「腐敗垂死的資產階級」的優越性，「遺傳的基礎並不在於某些特定、自我繁殖的物質」。所以需要清洗的不是基因，是大腦和意識形態。
納粹主義藉著排除劣等基因、種族滅絕來達到整整齊齊的人類，共產主義則利用後天干預和改造，只要「破壞」和「再教育」，揚棄天生對錯誤意識和物質的依賴，「任何人可以是任何人」，抹除所有的差異，達到集體的善。
@jeanylin - #20世紀的主義們 #共產主義 #牛津非常短講 相關心得： 出乎意料地挺好讀的。...
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Mon, May 22, 2023 9:02 PM
Mon, May 22, 2023 9:03 PM
本質上來說，都是透過人為干預來建造一個整整齊齊充滿秩序感的世界啊！
這就是牛頓發現簡潔的力學公式可以解釋宇宙的物理現象以來，機械宇宙的世界觀吧！希望簡潔、規律、整齊、有秩序。
真是恐怖⋯😱
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Mon, May 22, 2023 9:14 PM
Mon, May 22, 2023 11:14 PM
咦、我怎麼覺得我一本書的心得寫了不止一本書⋯😂🤣🤣
是不是該整理成 blog 免得自己以後都找不到😂🤣🤣
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Tue, May 23, 2023 1:57 AM
然後啊，這件事就讓我有想到，難怪二十世紀中期以前會特別流行烏托邦/反烏托邦的小說啊，經典作品幾乎都是那時候寫的吧。
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Tue, May 23, 2023 9:17 PM
我覺得我關於基因的生物/化學常識只有到1960左右，繼續讀下去，之後的新發現就開始感覺有點痛苦不太能follow ～😂🤣🤣
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Tue, May 23, 2023 9:17 PM
說起來我看物理發展的科普書，也是差不多就是到1960-70左右，然後進入量子力學的發展，前面一點點還可以理解，後面就覺得天書一樣的完全進入玄學的層次 😅
所以1970應該是各種學科發展分歧蠻重大的分水嶺吧！
之前可能是高中以前的通識範圍？
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Tue, May 23, 2023 9:18 PM
不過1970-1980年代就可以為病毒基因複製、定序、剪裁，感覺好神奇啊，原來那時候就這麼先進了啊！
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Tue, May 23, 2023 9:19 PM
Tue, May 23, 2023 9:24 PM
欸，看到 1976年 Genetech 創立的故事了。原來是胰島素起家的。1978年首開先例的用方法來申請了胰島素製造的專利，
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Tue, May 23, 2023 9:29 PM
咦，原來1990年 Roche 就買了 Genetech 啊，那怎麼我在2010年以後遇到的員工都還如數家珍，彷彿 Genetech 才剛被收購而已⋯⋯
咖啡茱栗
@YKJL
Tue, May 23, 2023 9:38 PM
1990還沒all in，2009才正式完全買下
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Tue, May 23, 2023 9:40 PM
Tue, May 23, 2023 10:44 PM
我之前看到用X光照果蠅產生變異的時候就想到 X-men，沒想到後面就講過了！
1961 Marvel 先推出 fantasy 4，然後是蜘蛛人，1963年推出 X-men。
X-men 最精彩之處，在於受害者和加害者的角色對換，1950的漫畫總是人類逃離怪獸；X-men卻是變種人逃避正常人的殘暴專橫。
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Tue, May 23, 2023 9:40 PM
咖啡茱栗
: 原來如此！難怪！
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Tue, May 23, 2023 9:49 PM
Tue, May 23, 2023 10:37 PM
1947 年 Victor McKusivk 麥庫西克將遺傳學再度帶入病理學的領域。1957年在 John Hopkins 創立了 Moore Clinic，以遺傳病為主要的治療目標。分類單基因和多基因症候群。
麥庫西克提出了四個見解：
1.單一基因突變可能會導致不同器官的不同表現，如馬凡氏症會影響所有結締組織，因此關節、脊椎、心血管都有問題。
2. 多種基因可以影響單一生理層面，比如高血壓。
3. 基因在於人類疾病的外顯率 penetrance 和表現度 expressivity，某些基因可能是靠著環境或偶然的機會而成為表現型；即便基因存在突變，卻不一定會顯現在實體或形態上，即為不完全外顯。
他的第四個見解特別重要：
4. 突變只是變異，是統計上的偏離值 ，但並不表示道德瑕疵或疾病，也非功能的得與失。
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Tue, May 23, 2023 10:42 PM
疾病的定義是在於個體天賦的基因和環境不協調而引起的殘疾，也就是突變、個人存在、以及個人生存與成就之間的協調。最終導致疾病的不是突變，而是錯配 mismatch。
環境不斷改變，也可能造成疾病定義的改變。
麥庫西克的信念：著重在殘疾而非異常，目標不是要「恢復正常」，而是讓病人有活力、快樂、發揮身體功能。
我覺得這一點也是蠻重要的，深有所感。
愛湊熱鬧的 array
@arrays
Tue, May 23, 2023 11:09 PM
有沒有講當年美國人體基因圖譜計畫啊？那個在 2000 提前完成，改變很多事。當初以為會需要大量人力，美國廣發獎學金吸引外國學生來美國讀基因。我算是趕上熱潮，原本來讀營養的，也湊熱鬧轉成讀基因，後來還參與了一些國家基因庫，基因非常好玩。
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Tue, May 23, 2023 11:34 PM
愛湊熱鬧的 array
: 有喔！
但我現在才看到1980年代左右，已經在倡議了，但由於各種原因和技術問題還沒正式出場！
愛湊熱鬧的 array
@arrays
Tue, May 23, 2023 11:44 PM
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
: 等妳繼續看，基因定序在90 中是第一次大突破，原本教授給我的計畫，預計兩年完成，新技術變成三個月完成，只好再加基因表達才夠畢業的份量。2000 中開始 NGS 第二代定序，那個大大衝擊我做的 array 技術，雖然後來證實 array 有不可取代的部分，但所有公司都衝進NGS, 現在已經到第三代第四代了，我也跳離 array 圈了。
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Tue, May 23, 2023 11:50 PM
人類基因組計畫
1989年，Craig Venter 凡特提出為基因組定序的捷徑，是簡化定序，不去理會基因組間的間隔序列和填充片段。後來由於專利的爭議，凡特離開國家衛生研究院，創立了私人機構 TIGR 基因組研究所。利用裝置把細菌基因組打成碎片，再重新組成重複的部分，解出整個基因組。
以英文為例：
打算之後看到底下碎片：struc, uncture, structu, uncture,
透過電腦找出重疊部分，組合出完整的 structure 這個字。1995年同這個方法完成會引發致命肺炎的嗜血桿菌的基因組定序。
反對者則認為，在過程中萬一失落了某些字母，本來的 profundity 只找到 puny，拼回來的不就全錯了嗎？
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Wed, May 24, 2023 12:05 AM
由公家贊助研究院和大學人類基因組計劃採取按部就班的方式，收集和組織基因組片段，定序轉換成實體圖譜。
1998年5月，同時間凡特另組新公司 Celera，凡特和由聯邦出錢的人類基因組計劃主任柯林斯在機場貴賓室見面，凡特告訴他打算用散彈槍定序法加速定序，雖然同意把大部分資訊公開為公共資源，但要為三百個可能作為藥物標靶的基因申請專利，比如乳癌、精神分裂症、和糖尿病基因，預定2001年前完成辨識整個人類基因組，比公家的人類基因組計劃早四年。
1998年12月，線蟲基因組計劃利用按部就班的複製方式完成定序。
這個計劃上萬種蛋白質和功能的發現，以及最大的特點：非編碼基因，用來製造RNA而非蛋白質。
其實他這部分篇幅有認真解釋這個線蟲計劃的重要性，但我看的不是很懂？😅
愛湊熱鬧的 array
@arrays
Wed, May 24, 2023 12:05 AM
我還記得在學校修了一個重量級教授的基因課，當人很兇，我運氣好跟著一個重修的台灣學長，他被當過一次，分享很多之前上課考試心得，最重要的，就是不能講基因定序。
教授是傳統基因學的，還在用孟德爾那套，靠交配看下一代來推測，不像現在，測一下 DNA 跑個 PCR 就知道了啊，但學長一直叮嚀，上課跟考試，絕對不能這樣講，否則死當。
我乖乖按照指示，絕口不提新技術，期末居然超高分過關，比學長還高分，讓很多原本不敢修這堂課的台灣跟中國同學，口耳相傳，那個成績很差的某某某拿了 A+耶，下一學期好多人跑來修，結果慘兮兮沒幾個人過。我應該是沾了一位台灣學姊的光，那時這位大教授瘋狂追學姊，可能看我也很順眼就給了高分。
之後師生戀曝光，學校給了壓力。
愛湊熱鬧的 array
@arrays
Wed, May 24, 2023 12:08 AM
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
: Celera 那時紅啊
我 2000 年後，再去 celera 找朋友，那時就很淒涼，公司空空的
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Wed, May 24, 2023 12:10 AM
Wed, May 24, 2023 12:11 AM
線蟲計劃的發現：
單一基因可以指定不只一種功能，基因不用提供構建蛋白質的指令，可以只用來編碼RNA，而不涉及蛋白質。他也不一定是緊緊連結的DNA 片段，可以分成幾部分。附有調序序列，但未必必緊鄰在基因旁邊。開啟了個體生物學。
嗯，其實我不知道什麼是個體生物學？😅
然後這一大段我的理解的是，其實按部就班每個都定序還是很重要的，因為有一些可能會被當成冗餘的基因其實有其必要性？
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Wed, May 24, 2023 12:12 AM
愛湊熱鬧的 array
: celera 連我都有聽過耶！雖然我那時候也是在新聞上偶然看到的，但有點印象。人類基因圖譜計劃那時候也是會上報紙。
愛湊熱鬧的 array
@arrays
Wed, May 24, 2023 12:14 AM
線蟲 C elegans 是傳統基因研究用的 model, 所以很重要。
想想孟德爾種豌豆要好幾個月才能看到下一代，用線蟲比較快，可以測試很多基因遺傳理論。真的不是種豆得豆，一些基因會亂跑的
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Wed, May 24, 2023 12:15 AM
Wed, May 24, 2023 12:49 AM
愛湊熱鬧的 array
: 但這個教授後來應該就不流行了吧？感覺沒跟上時代的變化？
師生戀後來怎麼了？話說現在的話這個應該蠻嚴重的吧，違反教學倫理之類的。
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Wed, May 24, 2023 12:16 AM
愛湊熱鬧的 array
: 所以這個線蟲計劃完全定序出來的重要性，是因為以後做各種遺傳實驗方便的原因嗎？
愛湊熱鬧的 array
@arrays
Wed, May 24, 2023 12:18 AM
定序只是基本，有基因不代表會表達。所以當年 array 是一個大突破，從傳統的點，線，到面的覆蓋。Array 也是在 90 年中開始，我運氣很好，在 2000 時加入最知名的 array 教授實驗室，就是那個後來不玩 array 改去賣 impossible burger 的史丹佛教授
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Wed, May 24, 2023 12:22 AM
愛湊熱鬧的 array
: 不好意思，問一下在基因學裡的 array 是指什麼？表示基因不是只有一維的 sequence 而是多維度嗎？
因為我不是這個背景的，講到 array 我第一個想到的是CS 裡的data structure 😂
愛湊熱鬧的 array
@arrays
Wed, May 24, 2023 12:23 AM
那時 celera 同時進行很多定序，線蟲因為小，最先完成，證實 celera 從 PE 那邊的技術可行。
之前基因很多都在用猜測跟推論，基因解密之後，就很容易解讀了，減少很多猜測跟錯誤推斷。畢竟基因真的不是一加一等於二，有太多太多變數，還有其他相關影響，這也是 array 的重要性，看全面，而不是只看一個基因的變化
愛湊熱鬧的 array
@arrays
Wed, May 24, 2023 12:26 AM
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
: 隨手 google 一篇中文的，我不知道書裡會如何翻譯，一般是說 gene chip 或是 microarray。把所有基因放在一張晶片上看。
PCR 看點
Sequence 定序看一條線
Microarray 看所有已知的 （這是 microarray 的限制，無法看未知，所以基因庫很重要）
愛湊熱鬧的 array
@arrays
Wed, May 24, 2023 12:27 AM
線上教學
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Wed, May 24, 2023 12:31 AM
愛湊熱鬧的 array
: 我看這本書是說，celera 先完成嗜血菌，接著公家的基因組計劃完成了線蟲，但接著 celera 又完成了果蠅的定序。
後來白宮就出來搓湯圓，2000年6月柯林頓、英首相布萊爾、以及人類基因組計畫主持人柯林斯和 Celera 凡特一起出席，宣布人類基因組的「首次調查成果」。但是短暫搓湯圓之後又開始開戰，因為 celera 要把基因序列賣錢，所以吵來吵去⋯
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Wed, May 24, 2023 12:33 AM
愛湊熱鬧的 array
: 哦！所以真的有 chip！
愛湊熱鬧的 array
@arrays
Wed, May 24, 2023 12:36 AM
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
: 政治部分我不熟，那時我已經跑去玩 array 了。
基因庫太值錢，目前大多是各國政府在主導，台灣的人體基因庫就很受矚目，因為結合二十多年的全民健保資訊。
美國大家比較熟的，23 & me, 就是 google 投錢還提供數據分析技術的基因公司，蒐集到全球各地的基因資訊。
愛湊熱鬧的 array
@arrays
Wed, May 24, 2023 12:38 AM
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
: 我早期在史丹佛的 array 只是在玻璃片上打上基因片段，後來的就是用半導體光電技術，在晶片上合成基因片段。
愛湊熱鬧的 array
@arrays
Wed, May 24, 2023 12:45 AM
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
: 回到師生戀，那位教授當年算重量級，傳統基因還是很有地位的，畢竟定序只是一個手段，不是理論重點。之後他等學姊畢業，離開東岸保守的常春藤，跑到加州當教授，學姊也是教授了吧，夫妻檔在加州是佳話。
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Wed, May 24, 2023 12:48 AM
愛湊熱鬧的 array
: 哇！修成正果！這也真不容易！
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Wed, May 24, 2023 3:06 AM
好的、終於看完了，看好久！
這本我買的是電子書，我猜實體書應該會超厚一本的吧。
愛湊熱鬧的 array
@arrays
Wed, May 24, 2023 4:55 AM
我這次就在猶豫，要不要買 readmoo的閱讀器
好奇，妳用那種讀電子書呢
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Wed, May 24, 2023 5:10 AM
愛湊熱鬧的 array
: 我覺得你都沒買的話，是可以考慮。
我是用博客來，但那是因為我忘記了讀墨、讀冊、等等其他網站的密碼XD
所以後來就統一集中在博客來免得還忘⋯
愛湊熱鬧的 array
@arrays
Wed, May 24, 2023 5:42 AM
readmoo 老闆是老公同學，老公公司供應那個黑色油墨。上週聚餐她帶了最新的兩款來，都好輕喔，但只能讀她公司的書，不能讀美國這邊的電子書，所以我猶豫了。
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Wed, May 24, 2023 6:08 AM
Wed, May 24, 2023 6:09 AM
愛湊熱鬧的 array
: 美國的你就用 kindle 就好啦！Amazon 還是比較方便啦！
我個人也是有蠻心動他的電子書的，我現在用 iPad 感覺讀久了眼睛不舒服。
Flora
@newgreatman
Wed, May 24, 2023 8:13 AM
這一串看下來 想說會看到 epigenetics 還有最近的新技術 不知道有沒有什麼秘密 🤣
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Wed, May 24, 2023 7:44 PM
Wed, May 24, 2023 7:45 PM
Flora
: 怎麼會有，這本書2015寫的，就算有講新技術也早就過期了XD
新技術應該問你和樓上的業內人士吧⋯⋯
Flora
@newgreatman
Thu, May 25, 2023 6:46 AM
其實我很八卦天線末端.....
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Thu, May 25, 2023 4:52 PM
Flora
: 後面講了一些發現乳癌染色體定位BRCA，但沒有講安吉麗娜裘莉，所以應該是在那之前的書。
講了唐氏症基因；1973 Roe v. Wade 到聯邦法院決議確立了女性墮胎權的案子（不過作者當然不知道現在又反轉了）。
也講了產前基因檢查、人工流產，是消極優生學的應用；講了桃莉羊，未來的可能性，道德倫理的議題，等等。
Jeany|來非虛構小火堆玩吧
@jeanylin
Thu, May 25, 2023 5:02 PM
Thu, May 25, 2023 5:02 PM
話說剛剛看了 Jane Roe 的一篇報導⋯
The forgotten story of Jane Roe, who fought for and ...
另開一噗好了。
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The Gene: An Intimate History
我覺得這本書讓我想到了之前之前讀的其他書，包含之前講 24個最受歡迎的心理學故事 裡、為何二十世紀前半段心理學的發展都環繞著［先天遺傳VS後天教養的］的爭論； 二十世紀的主義們 牛津非常短講 裡的社會主義、共產主義發展，以及都市規劃設計史談到的 明日田園城市 明日城市 ，當時的政治、戰爭，也和基因、遺傳互相呼應，尤其是納粹完全以優生學為核心、發展出來的種族清洗。
一切突然都有串起來的感覺呀！
小孩像爸爸 ，基因
小孩像鄰居，環境
😅
從最古老的西元前350年，亞里士多德主張遺傳資料是以一種訊息的方式來傳遞開始談。
亞里士多德真的是閒著沒事都在思考萬物萬事，什麼事都提出了一些想法。我覺得這樣的人生好像也蠻酷的？
那本書我覺得也蠻有趣的，在講我們經歷了三個主要的世界觀，古希臘羅馬的世界觀，牛頓的機械宇宙世界觀，以及愛因斯坦開始討論相對論，進而引發了廣義相對論、狹義相對論從而導致了量子力學的討論，以及我們現在資訊科技的世界觀。
一個完整的世界觀都是邏輯自洽，了解當時普遍的世界觀，才會知道當時人的思考方式和限制，為什麼他們會做出這樣的那樣的判斷與決定。
不能拿清朝的法斬明朝的官，需要了解當時的環境和脈絡，不然其實很難真的去了解這些人提出的看法，所冒的風險有多大。像法律史，可能會覺得當時的法律怎麼可以如此嚴厲愚昧，或像心理學史，裡面有一大堆現在看來毫無倫理的做法，但放當在當時的時空背景是可以被接受的。
1865年孟德爾發表了他的豌豆實驗，發現獨立的遺傳單位。沒看這本書我都不知道他在修道院七年種了28000株豌豆，紀錄40000朵花，近四十萬顆豌豆。一一紀錄。為了控制變異，每一朵花都是為了避免自花授粉、需要先把花藥摘掉，人工授粉。
這實在是超級大的工作量，在修道院整整七年都在做這件事。
其實他當教區神父當得不好，結結巴巴講道沒人聽，又當不了貧苦教民的心理諮商，所以想去高中自然老師。但資格考沒過（考物理、化學、動植物學），念了兩年大學，考前生病，還是沒考過，所以只能代課。
後來變成修道院長行政事務太忙了，就沒辦法繼續他的實驗了。
從1859年達爾文《物種起源》發表之後，1869年達爾文的表弟高爾頓發表《遺傳天賦》，1883年，達爾文去世一年後，高爾頓出版了一本書《探索人類才能及其發展》，創造「優生學」一詞，人類干預加速改良人類的過程。
高爾頓丈量所有人類特徵，由於沒有工具，使用劍橋數學能力考試的分數代表智力（話說他本人當年不及格），身高體重、手臂長度、女人的美醜，等等，製作出各式各樣的常態分佈圖，和家族史與血統純正的關聯，高爾頓也創造了「先天與後天」nature versus nurture 一詞。他主張，卓越的表現乃是遺傳而來。
所以整個二十世紀初，1900-1909，都在重新發現孟德爾的著作、創造了基因 gene 一詞。雖然看起來高爾頓在20世紀初，他也變成主要論戰的人。
精神病學家莫利斯提出質疑，建議必需謹慎，但其他人卻督促加速進行。
小說家威爾斯在1895年寫出《時間機器》，想像出由於近親繁殖而衰敗的未來，因此他提出另一個方向：選擇性地淘汰弱者（消極優生學）。
貝特森最後發言，指出高爾頓建議用人的表相（生理和心理個性），但真正的信息不在表象而在基因。
當時的社會背景，1867讓不列顛勞工階級男性有投票權，1906議會有29席落入工黨。當時的菁英擔心低俗的人 (mean men) 會生出一堆孩子，讓人更低俗，主宰基因庫，把國家拖垮。
1911年，高爾頓同僚艾利斯鼓吹絕育理念：「⋯我們要培養秩序感，鼓勵同情和遠見，連根拔除種族的野草。」
19、20世紀初，當時農業經濟嚴重衰退，大量失業農民移居城市裡，聚集在大都市裡廣大貧民窟裡，有數百萬貧困者，治安極差，時有暴動。各大都市都有，但倫敦在1880中期最為明顯。
當時各個領域的人都想解決這個問題。都市規劃來說，有三個流派試著解決：
其中一個流派是以霍德爾試著提出的花園都市的概念：他在1898年提出《明日：一條通往真正改革的和平之路》，增修內容後，1902年以《明日的花園城市》重新發行。有興趣可以去看一下那本書的中文版。他提出了一個自己自足的城鎮，把花園、住宅區、工業區分得好好的，井然有序。
柯比意則是提出拆遷舊城市、重新用更高密度的高樓城市以及紀念性建築、和外環綠帶來取代。
上面提到的高爾頓，也是這本書裡面的第7個故事。
他本身是個很聰明的人，也是孜孜不倦的研究者，他是最早開創問卷調查的統計方法的人，開始了同卵雙胞胎研究，開啟了智力測驗和統計相關係數的研究，測量指紋並使得指紋辨識在刑事系統中發揮用途。把人類放在演化脈絡中，預見了現代人類學、社會生物學和演化心理學的發展。提出的「先天VS後天」時至今日仍然是重大討論。
所以當時貧民窟的亂象，以及勞工階級這些開始有投票權，但自己都照顧不好自己還生了一大堆小孩的mean men 低俗人口，肯定非常沒有秩序啊！
這個想法在解決市政問題，就產生要做都市規劃的起頭，所以有了工整的花園城市，甚至像柯比意希望的把舊都市給拆了、重新蓋一個整整齊齊的新都市（我小時候玩模擬城市也常逛有這種衝動）。
反應在人類和政治，就是希望未來的人類整整齊齊、都是更高尚更優秀的人類，優生學會影響到政治風潮。
納粹認為遺傳固定不變，所以需要清洗種族和基因。
而1930年代的蘇聯左派科學家和知識分子認為雖然有個體差異，但一切都是環境造成的，主張基因是「遺傳學者的發明」來證明「腐敗垂死的資產階級」的優越性，「遺傳的基礎並不在於某些特定、自我繁殖的物質」。所以需要清洗的不是基因，是大腦和意識形態。
納粹主義藉著排除劣等基因、種族滅絕來達到整整齊齊的人類，共產主義則利用後天干預和改造，只要「破壞」和「再教育」，揚棄天生對錯誤意識和物質的依賴，「任何人可以是任何人」，抹除所有的差異，達到集體的善。
這就是牛頓發現簡潔的力學公式可以解釋宇宙的物理現象以來，機械宇宙的世界觀吧！希望簡潔、規律、整齊、有秩序。
真是恐怖⋯😱
是不是該整理成 blog 免得自己以後都找不到😂🤣🤣
所以1970應該是各種學科發展分歧蠻重大的分水嶺吧！
之前可能是高中以前的通識範圍？
1961 Marvel 先推出 fantasy 4，然後是蜘蛛人，1963年推出 X-men。
X-men 最精彩之處，在於受害者和加害者的角色對換，1950的漫畫總是人類逃離怪獸；X-men卻是變種人逃避正常人的殘暴專橫。
麥庫西克提出了四個見解：
1.單一基因突變可能會導致不同器官的不同表現，如馬凡氏症會影響所有結締組織，因此關節、脊椎、心血管都有問題。
2. 多種基因可以影響單一生理層面，比如高血壓。
3. 基因在於人類疾病的外顯率 penetrance 和表現度 expressivity，某些基因可能是靠著環境或偶然的機會而成為表現型；即便基因存在突變，卻不一定會顯現在實體或形態上，即為不完全外顯。
他的第四個見解特別重要：
4. 突變只是變異，是統計上的偏離值 ，但並不表示道德瑕疵或疾病，也非功能的得與失。
環境不斷改變，也可能造成疾病定義的改變。
麥庫西克的信念：著重在殘疾而非異常，目標不是要「恢復正常」，而是讓病人有活力、快樂、發揮身體功能。
我覺得這一點也是蠻重要的，深有所感。
但我現在才看到1980年代左右，已經在倡議了，但由於各種原因和技術問題還沒正式出場！
1989年，Craig Venter 凡特提出為基因組定序的捷徑，是簡化定序，不去理會基因組間的間隔序列和填充片段。後來由於專利的爭議，凡特離開國家衛生研究院，創立了私人機構 TIGR 基因組研究所。利用裝置把細菌基因組打成碎片，再重新組成重複的部分，解出整個基因組。
以英文為例：
打算之後看到底下碎片：struc, uncture, structu, uncture,
透過電腦找出重疊部分，組合出完整的 structure 這個字。1995年同這個方法完成會引發致命肺炎的嗜血桿菌的基因組定序。
反對者則認為，在過程中萬一失落了某些字母，本來的 profundity 只找到 puny，拼回來的不就全錯了嗎？
1998年5月，同時間凡特另組新公司 Celera，凡特和由聯邦出錢的人類基因組計劃主任柯林斯在機場貴賓室見面，凡特告訴他打算用散彈槍定序法加速定序，雖然同意把大部分資訊公開為公共資源，但要為三百個可能作為藥物標靶的基因申請專利，比如乳癌、精神分裂症、和糖尿病基因，預定2001年前完成辨識整個人類基因組，比公家的人類基因組計劃早四年。
1998年12月，線蟲基因組計劃利用按部就班的複製方式完成定序。
這個計劃上萬種蛋白質和功能的發現，以及最大的特點：非編碼基因，用來製造RNA而非蛋白質。
其實他這部分篇幅有認真解釋這個線蟲計劃的重要性，但我看的不是很懂？😅
教授是傳統基因學的，還在用孟德爾那套，靠交配看下一代來推測，不像現在，測一下 DNA 跑個 PCR 就知道了啊，但學長一直叮嚀，上課跟考試，絕對不能這樣講，否則死當。
我乖乖按照指示，絕口不提新技術，期末居然超高分過關，比學長還高分，讓很多原本不敢修這堂課的台灣跟中國同學，口耳相傳，那個成績很差的某某某拿了 A+耶，下一學期好多人跑來修，結果慘兮兮沒幾個人過。我應該是沾了一位台灣學姊的光，那時這位大教授瘋狂追學姊，可能看我也很順眼就給了高分。
之後師生戀曝光，學校給了壓力。
我 2000 年後，再去 celera 找朋友，那時就很淒涼，公司空空的
單一基因可以指定不只一種功能，基因不用提供構建蛋白質的指令，可以只用來編碼RNA，而不涉及蛋白質。他也不一定是緊緊連結的DNA 片段，可以分成幾部分。附有調序序列，但未必必緊鄰在基因旁邊。開啟了個體生物學。
嗯，其實我不知道什麼是個體生物學？😅
然後這一大段我的理解的是，其實按部就班每個都定序還是很重要的，因為有一些可能會被當成冗餘的基因其實有其必要性？
想想孟德爾種豌豆要好幾個月才能看到下一代，用線蟲比較快，可以測試很多基因遺傳理論。真的不是種豆得豆，一些基因會亂跑的
師生戀後來怎麼了？話說現在的話這個應該蠻嚴重的吧，違反教學倫理之類的。
因為我不是這個背景的，講到 array 我第一個想到的是CS 裡的data structure 😂
之前基因很多都在用猜測跟推論，基因解密之後，就很容易解讀了，減少很多猜測跟錯誤推斷。畢竟基因真的不是一加一等於二，有太多太多變數，還有其他相關影響，這也是 array 的重要性，看全面，而不是只看一個基因的變化
PCR 看點
Sequence 定序看一條線
Microarray 看所有已知的 （這是 microarray 的限制，無法看未知，所以基因庫很重要）
後來白宮就出來搓湯圓，2000年6月柯林頓、英首相布萊爾、以及人類基因組計畫主持人柯林斯和 Celera 凡特一起出席，宣布人類基因組的「首次調查成果」。但是短暫搓湯圓之後又開始開戰，因為 celera 要把基因序列賣錢，所以吵來吵去⋯
基因庫太值錢，目前大多是各國政府在主導，台灣的人體基因庫就很受矚目，因為結合二十多年的全民健保資訊。
美國大家比較熟的，23 & me, 就是 google 投錢還提供數據分析技術的基因公司，蒐集到全球各地的基因資訊。
這本我買的是電子書，我猜實體書應該會超厚一本的吧。
好奇，妳用那種讀電子書呢
我是用博客來，但那是因為我忘記了讀墨、讀冊、等等其他網站的密碼XD
所以後來就統一集中在博客來免得還忘⋯
我個人也是有蠻心動他的電子書的，我現在用 iPad 感覺讀久了眼睛不舒服。
新技術應該問你和樓上的業內人士吧⋯⋯
講了唐氏症基因；1973 Roe v. Wade 到聯邦法院決議確立了女性墮胎權的案子（不過作者當然不知道現在又反轉了）。
也講了產前基因檢查、人工流產，是消極優生學的應用；講了桃莉羊，未來的可能性，道德倫理的議題，等等。