好的細菌對身體有益，譬如有些可分解養份方便人體吸收，有些則協助製造腎上腺素、皮質醇、血清素、γ-氨基丁酸等，協助體內荷爾蒙的平衡。帕金森氏症的病人常常在其口腔和腸道出現不足量的普氏菌，這或許可以部分解釋為什麼帕金森氏症的病人腦中的多巴胺量不足之因。

相反地，口腔内也有許多對健康有害的細菌，例如導致牙齦病變的具核梭桿菌、牙周病主要致病菌牙齦紫質單孢菌、導致蛀牙的變種鏈球菌、單純疱疹病毒和白色念珠菌等。

眾所皆知口腔衛生不佳的人有較高的風險得到牙齦疾病。牙齦炎是牙齒表面上的菌斑引起的牙齦發炎。