蛋白質在細胞中可做為催化化學反應的激素，譬如消化酵素等，同時也是身體合成各種荷爾蒙的重要成分，例如內分泌激素、胰島素、升糖素等；最重要的是，蛋白質是體內防禦的重要關鍵，因為抗體的主要組成成分就是蛋白質。

攜帶功能
蛋白質可以攜帶各種物質，幫助身體完成吸收、運輸的作用，例如脂蛋白可以運送三酸甘油酯、膽固醇等。

5、神經傳導功能

蛋白質具有作為神經傳遞的物質，譬如色胺酸是血清素的前驅物，若缺乏的話，可能會導致憂鬱的現象；另外，甘胺酸是血紅素的前驅物；酪胺酸是腎上腺素、多巴胺的前驅物等。