提名前交大校長張俊彥任考試院長，隨即遭國民黨立委質疑其長期親綠的背景。

二○一一年三月三十日提名高等法院法官邵燕玲擔任大法官，她隨後遭質疑是審理三歲女童遭性侵案、做出「無法證明違反意願」爭議判決的審判長，引發社會譁然。
馬、蕭均堅稱事前不知邵的爭議判決。司法院長賴浩敏則扛下所有責任，坦言在向總統府推薦提名邵燕玲時，已知有爭議判決，但不認為此個案是障礙。

提名屢爆爭議 馬創「大三元」紀錄 - 焦點 - 自由時報電子報

馬英九 國民黨 恐龍法官