某些深海魚類體內的重金屬含量，會比其他深海魚更低，比如鯖魚、鮭魚。而據美國心臟協會發表在《循環》期刊上的研究指出，適量食用低重金屬含量的深海魚類，例如每週食用2至3次鯖魚或鮭魚，可降低心血管疾病發生率約20至30%。

相對的，某些深海魚類的重金屬含量較高，應避免多吃，如鮪魚／金槍魚、鯊魚和旗魚，因處在食物鏈較高位置，體內可能累積較多的汞和其它重金屬，吃太多會對健康造成危害。

蕭捷健引述美國食品藥物管理局的資料指出，上述幾種魚類的汞含量，平均每公斤魚肉為0.5至1.5毫克，長期食用可能增加神經系統疾病的風險。此外，他還提醒愛吃魚翅的朋友，由於魚翅來自於鯊魚，因此重金屬含量同樣很高，要務必小心。