灰指甲的治療有一個特色，就是「漫漫長夜」，因為黴菌躲在硬硬的指甲裡面，不管是擦藥還是吃藥，能進入指甲的藥物濃度總是有限，所以治療必須要有耐心。灰指甲的治療分成外用藥膏(藥水)及口服抗黴菌藥物。
．外用藥物：優足答(exelderm, 學名sulconazole)、等，自費外用藥有Amorolfine(如Loceryl樂指利、Amocoat雅舒安、Emoller易黴樂等、Chanelle愛甲妥)、乳酸乙酯及醋酸(如excilor恢甲清、速療灰甲套裝)、中藥(如樂道灰)等。
．常用的口服藥：適普諾(Sporanox，學名Itraconazole)、黴特克舒(Lisim，學名Terbinafine)、泰復肯(Diflucan, 學名Fluconazole)。