後期倭寇的發展上，明商人王直扮演了很重要的角色，曾上書朝廷請求開海禁被拒絕後，找上日本九州大名勢力合作把基地設在日本的平戶藩，以反對明朝海禁政策的南方中國人為基礎，與日本人、佛朗機人合作進行走私，在後期倭寇中頗為知名。胡宗憲、戚繼光與俞大猷等人都曾參與討伐倭寇的軍事行動