在1995年至1996年期間，柔佛古廟花了150萬令吉進行修復工作，以保護柔佛古廟的原貌。古廟建築翻新時經過精心設計，以保存歷史文物，並沿襲了許多傳統建築，據說這些建築均基於明朝的許多設計。