台灣已於6月23日將猴痘列入第二類法定傳染病，猴痘與天花病毒同屬正痘病毒屬（Orthopoxvirus），所以若有接種天花疫苗（牛痘），就具有一定的預防能力，由此推算年齡小於43歲以上的民眾，都沒有保護力，因為台灣在1979年就停止天花疫苗的注射，原因是當時天花已經幾乎絕跡。

由於台灣已經出現第一例猴痘境外移入案例，外界也開始關心疫苗問題，疾管署長周志浩6月24日表示，我國已有第一代天花疫苗，但屬於活性疫苗，所以接種後的副作用較嚴重，目前規劃作為戰備使用，現在正在進行第三代天花疫苗及抗病毒藥物的採購事宜，改良後的第三代疫苗副作用比較小，目前具體的採購數量在洽談中，最晚一定會在年底前買到。
第三代天花疫苗初步規畫提供給照顧猴痘患者的醫護人員、患者密切接觸者以及實驗室人員等3類對象施打。