澎湖水道在雲林、彰化外海一帶，由於受到黑潮支流、南海水終年不斷北流，將南段侵蝕出細砂向北輸送，使之發展出「北段沉積、南段侵蝕」的系統，並在濁水溪出海口海域發現，其下方的海床有大面積廣泛分布砂質沉積物，這表示澎湖水道的沉積物也來自臺灣沿岸的河流