台北醫學大學體系內多家醫院，今年連續爆發詐領健保費、醫師收回扣、開錯刀等狀況，不僅引發醫護人員離職潮，也讓校友們看不下去，把矛頭指向前董事長、現任董事李祖德。

今年10月，台北醫學大學附設醫院爆發醫師誤將一名罹患子宮內膜癌婦人的胰臟，當成腫瘤切除的重大疏失，被罵到臭頭。在此之前，健保署今年4月發現不少醫院浮報健保費，金額逾3億元，而在7,000多件有問題的個案中，北醫就超過2,000件，占了1/4，最後北醫同意繳回1.2億元，創下健保不實申報吐回金額的最高紀錄，同屬北醫體系的雙和醫院，也全數退回違規所得。

同一時間，屬於北醫體系的萬芳醫院也爆發腫瘤科名醫吳思遠遭檢舉，向病患推薦高價的自費螺旋刀手術，事實上卻採廉價療程、涉嫌詐欺，檢調懷疑吳與手術設備代理商「承業生醫」配合拆帳，除了約談吳，也同步約談業者到案。