1995年1月28日，《戒嚴時期人民受損權利回復條例》公布施行。楊登魁以一清專案及二清專案未經合法審判就將他監禁為由，申請冤獄賠償。2003年6月，台北地方法院判決，楊登魁於一清專案期間被逮捕羈押120天，以每天新台幣四千元計算，政府需賠償楊登魁新台幣48萬元