說到新疆穆斯林，最近看「橡皮推翻滿清」，裏面就有提到清朝在平定準噶爾汗國以後，曾經進行過大規模的屠殺，該地方圓百里在幾十年後，仍然是渺無人煙。 準噶爾汗國 - 維基百科，自由的百科全書
、 平定準噶爾 - 维基百科，自由的百科全书

[新聞] 殘害新疆穆斯林　「基地」組織向中國宣戰 - Gossiping板 - Disp BBS

到了十九世紀末，新疆還引起了李鴻章跟左宗棠，也就是海防與塞防的爭議，慈禧太后後來選擇左宗棠，海防與塞防並重，並重實際上是塞防資源分配較多，結果導致了資源的分散，間接影響後來甲午戰爭的戰果。