奕訢賦閒多年，直至1894年中日甲午戰爭以後，慈禧礙於危機形勢才再度將其起用，任其為領班軍機大臣與總理衙門大臣，督辦海軍等軍務。他曾意圖請列強出面調停戰爭，並派談判代表直接與日本接觸，但收效甚微。甲午戰後，奕訢曾協助光緒帝推動一些新政，但其對隨之而來的維新變法運動極力抵制、屢加阻撓