到了農曆八月，缺糧更是嚴重，官兵每天只吃兩餐，甚至食木子充飢，即便前往各地買米，也只得支應10日。不少士兵便因缺乏營養而生病，甚至1天內死了70-80人，駐紮在大員街的部隊，健康的人只有十分之三、四。飢荒也造成士兵逃亡，有些人乾脆逃往荷軍陣營。直到終於有20艘運糧船抵達台灣，才勉強度過缺糧危機