與其他赤道國家不同，秘魯的氣候不是單一的熱帶；安地斯山脈和秘魯寒流使全國各地的氣候有較大的差異。沿岸區氣候溫和、濕度高但降水量低，但該區北部因副熱帶高壓壟罩，與秘魯涼流之影響，屬於降水稀少的沙漠氣候；高原區夏季多雨，氣溫和濕度隨海拔高度上升而下降；亞馬遜林區溫暖多雨，但南端的冬季寒冷，不是四季都有降水。因為豐富的地理和氣候形態，秘魯境內的生物多樣性極高：截至2003年，該國發現21,462種動物和植物，其中5,855種是特有種。秘魯政府設立了幾個國家公園進行保育工作。