在1877年的內茲珀斯戰爭之後，內茲珀斯人喪失了他們大多數的馬，該品種陷入衰退幾十年。在1938年成立阿帕盧薩馬俱樂部（ApHC）作品種註冊之前，只有少數專門飼養者保留了阿帕盧薩馬，作為一個獨特的品種。現代品種保持的血統可以追溯到註冊的基礎血庫；其部分開放的標準允許加入一些純種馬、美洲奎特馬和阿拉伯馬血統。