裴隆被安葬在布宜諾斯艾利斯。1987年，他的墓地遭盜掘，遺骨的雙手不翼而飛。至今此案仍未破獲。2006年10月17日，裴隆遷往布宜諾斯艾利斯市西南約64公里處的新墓，該墓地也是裴隆生前與伊莎貝爾·裴隆的一處住所。遷墳當日即有市民歡送，又有一些裴隆主義反對派表示抗議。但裴隆的遺體最終還是遷到了造價高達100萬美元的新墓地，並且新墓地專門為伊莎貝爾·裴隆留出了空間