鄂木斯克本身只有原住民居住。大約在十八世紀，俄羅斯人派兵攻打西伯利亞，並於1716年建成堡壘，以鎮守西伯利亞。1782年，鄂木斯克獲得城市地位；1822年鄂木斯克成為西伯利亞行政首都。當時鄂木斯克一直為俄羅斯流放罪犯之地方，如費奧多爾·米哈伊洛維奇·陀思妥耶夫斯基就曾被判到鄂木斯克充軍。