儘管始新世的全球氣候仍然比較溫暖，但也正是在始新世後期，開始了全球變冷的緩慢趨勢，這可能是由發生於北冰洋的紅萍事件以及在岡瓦納古陸最終破碎之後形成的南極洲環流共同造成的。這種變冷趨勢最終導致了第四紀大冰期的出現。