1521年，麥哲倫探險隊曾經抵達菲律賓；1565年，西班牙入侵呂宋，攻占宿霧島；1571年，西班牙侵占呂宋島，建馬尼拉城。菲律賓這個名字，就是從西班牙國王菲利普二世而來。西班牙人來到後，在當地實施類似封建制度的政策，征服者、修士和本地貴族被授予莊園，以換取他們對國王的服務和忠誠，他們則被賦予特權，得以從當地居民收取貢品。作為回報也有人獲得賜封，被稱為受封君，受命提供居民司法和治理軍事保護。在戰爭時期，在受封君要為國王提供士兵，特別是如荷蘭、英國對殖民地的侵略。賜封系統因為被過度濫用，在1700年代被行政省份取代。

國家層面上，西班牙國王，通過他的印度議會，通過他在菲律賓代表菲律賓總督管轄，總督被賦予幾個職務：最高法院皇家馬尼拉審問院首長、陸軍和海軍指揮官總司令、負責該國的經濟規劃，並監督教會任命的權力。總督通常是西班牙出身的半島人，以確保對王室忠誠度，年薪是40000比索。