2009年，受莫拉克颱風襲擊下，南橫公路沿線多處毀損，其中在埡口路段，大關山隧道東口與停車場皆遭受土石掩埋，在埡口山莊和大關山隧道之間的道路有長達300公尺崩坍地，影響甚鉅。因此，同樣連帶影響埡口山莊，下方地基的岩層流失，而且崩壁是直瀉而下的溪谷，山莊前營火廣場有地滑龜裂的現象，此地點經勘察被認為有危險堪虞，林務局決定收回埡口山莊，停租給救國團。2014年2月，臺東林管處對外表示，於3月開始不對外開放使用埡口山莊，並保留原有建物，僅提供緊急救難之用