中生代的上界限是二疊紀-三疊紀滅絕事件，這一事件滅絕了當時90%到96%的海洋生物，與70%的陸生生物，也是地質年代中最嚴重的生物大滅絕事件，因此又稱為大死亡（The Great Dying）；下界限是白堊紀-第三紀滅絕事件，可能是由猶加敦半島的希克蘇魯伯撞擊事件造成，此次滅絕事件造成當時的50%物種消失，包括所有的非鳥恐龍。