後來韓遂和馬超在關中舉兵反抗曹操，弘農郡和馮翊郡多個縣邑都響應，但河東郡雖然鄰接，人民卻無異心。曹操率軍與叛軍對抗時，軍糧就完全依靠河東郡供應，到戰勝後還餘下二十多萬斛，曹操因而稱讚杜畿，增秩中二千石。曹操征伐據守漢中的張魯時，杜畿又派五千人運輸，雖然要到戰爭前線，但他們為了不負杜畿所託，沒有一人逃亡。魏國建立後任命杜畿為尚書。杜畿管治河東共十六年