與此同時，美國在比基尼環礁進行的核子試驗，使哥吉拉身體發生變異並獲得比之前更強大的力量；它擊沉美國潛艦紅魚號，並陸續摧毀其他幾艘正在前往日本的船隻。由於美蘇目前正處於緊張關係，麥克阿瑟將軍批准使用幾艘退役的日本帝國海軍艦艇外，表示美國不會提供日本任何幫助。而日本政府擔心引起恐慌，故此沒有向民眾通報。