東察合台汗國時期，蒙古統治者與中原王朝如明朝、清朝都有密切交往，商貿關係非常頻繁。據各種文獻記載，這些察合台後人自稱臣屬，朝貢不斷。這種局面為後來清朝統一天山南北創造了一定條件。除此之外，這一時期由於察合台後代及王公貴族的大力倡導推廣，伊斯蘭教在天山北部地區得到廣泛傳播，蒙古貴族集團的伊斯蘭化極大地促進了伊斯蘭教在西域諸地各民族的傳播