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五世達賴喇嘛統治之時,中國正發生著翻天覆地的變化。後金崛起,不斷攻擊明朝的東北邊疆。皇太極在1636年建立大清,並迫使朝鮮成為其屬國。不久,達賴喇嘛派遣使者伊拉古克三呼圖克圖前去盛京,表示願意支援。滿洲人、蒙古人都信奉藏傳佛教,非常重視同西藏的關係。1644年(順治元年),清兵入關,佔據了北京。順治帝遣使存問,邀請五世達賴喇嘛來北京,但此時達賴喇嘛的權力剛剛穩固,便以邀請沒有正當理由為由拒絕。1650年,順治帝再度派遣使節團出使西藏,增加了禮物,邀請達賴喇嘛來北京。達賴喇嘛允許,他到達寧夏時,順治帝派大臣以及三千護衛前來迎接