今天來分享，我在博士班的最後一篇
也是我的畢業代表作
也不枉我在博班念了這麼長的時間了🤔
這篇也是隨意寫寫，寫一些雜談
之後，不知道會不會開始認真分享一些文章呢🤔
再看看吧😆

這篇paper創下了許多我個人的紀錄
但是最重要的，大概就是發到了CNS御三家其中一家的子刊吧😆
在這當中，中研院生醫所的胡哲銘老師幫了非常多的忙🙏
（我認真覺得，好像唸了第二個博士班👍😆）

於2024年，發表在Cell Reports Medicine
標題：Combinatorial leaky probiotic for anticancer immunopotentiation and tumor eradication
https://www.cell.com/...

達成的成就：
第一次發到御三家系列子期刊🎉
第一次發到十點以上的期刊🎉
第一次發在open access系列期刊😆（雖然也讓老師花了不少錢🫠）

這篇的重點：
。基於loss-of-function的概念，我們建立的組合洩漏型多功能益生菌(CIOP)，使其具有刺激抗腫瘤免疫、毒殺癌細胞、提高安全性以及使小鼠產生抗癌記憶

這篇的背景：
。組合療法(Combinatorial therapy)是癌症治療常見的一種方法。雖然這種療法比起單一治療可以發揮更好的效果，但是由於每種藥物的半衰期與專一性不一致，藥物的製造運送以及其專利權都對組合療法構成了挑戰。
。隨著合成生物學(Synthetic biology)的興起，越來越多專家鑽研用於因應癌症治療的細菌療法。為了使細菌可以在腫瘤內形成一個生物工廠，各種gain-of-function的設計陸續推陳出新，使細菌可以釋放特定的抗癌藥物。

。雖然細菌是一個很好的蛋白質生產平台，但是一隻細菌在生產蛋白的量仍然有其生物學的極限。基於loss-of-function的概念，我們透過建立lpp KO的洩漏益生菌(leaky probioitc)可以使其益生菌專注於生產抗癌藥物，而省下了生產釋放工具所需的資源
。剔除lpp基因除了可以讓益生菌釋放多種藥物，同時也降低了細菌本身具有的毒性。我們認爲降低細菌的毒性，不僅僅讓細菌容易被正常的免疫反應清除，同時也讓細菌依舊對於在免疫抑制的腫瘤具有高度的專一性

這篇的發現：
。lpp基因敲除增強了細菌載體的滲漏性與耐受性
。工程畫的洩漏型益生菌分泌免疫調節與毒殺腫瘤的嵌合蛋白
。組合型洩漏益生菌具有腫瘤抑制作用，並能誘導抗腫瘤免疫反應
。組合型洩漏益生菌適用於靜脈注射的抗癌治療

雜談：

這篇研究一開始嘗試了讓細菌分泌不同種類的cytokine
真的是嘗試了各種排列組合🤣
只可惜這個研究，絕大部分都只有我一個人做
或許有其他更好的排列組合，不過目前的研究
大概是我能做到最好的組合了
（並且也沒有那麼多實驗動物讓我們去一一嘗試🤔）

我原本的指導老師，牟老師是一個很追求效率的人
（當初我也是因為其中的這一點，決定加入牟老師的實驗室）
當初我跟牟老師的討論，也是基於多功能抗癌細菌的角度上
原始的構想，是讓多功能抗癌細菌可以參與cancer-immunity cycle的所有功能
只可惜最後離我們原本的目標，還只有差一點點
但這就是後話了

雖然沒有認真算，我覺得我碩班跑過的western blot
大概少說也有四五百片吧？🤔博班的這個計畫
也讓我不斷地跑western blot
去看每種不同的排列組合中，各個蛋白的分泌量
這樣跟碩班的量加一加，少說也應該有到千片了😆
不過也因為有western blot跟CCK8 assay
所以省下了許多不必要的動物實驗
最重要的，還有我的時間成本😆

不過也因為各種排列組合的測試
當初在進度報告時，或許也讓同事們感覺到有些混亂吧
可能不太知道這篇研究的重點在哪裡
後來想想，如果有人不知道我想表達的東西是什麼
那這就是我還需要成長的地方

其實這篇研究，有許許多多我覺得很有趣
跟牟老師討論之後，他也覺得很有趣的新發現
甚至我們有去做一些簡單的preliminary test
還有去跑flow cytometry以及與共儀的管理者討論
那位管理者也覺得這些發現跟研究頗有趣😆
有跟著一起研究，分析和討論
甚至後來還寫了關於flow的研究報告👍

沒有繼續研究下去，雖然覺得有些可惜
但這大概就是緣分還沒有到吧🤔
我想是這樣
畢竟，合併療法治療下去之後
實際上會發生什麼樣的機制，目前研究的人可能也不多🤔
不過這也是後話了

另一方面，我們也測試了細菌許多不同的功能
有些發現我也覺得蠻有趣的，動物實驗也證明有顯著差異
只是實驗數據累積的還不夠多
最後就被擱在一旁了🫠

其實我算了算，我做的實驗數據
大概至少有一半是沒有用到的，不過為了能夠拼湊出一個完整的故事
我想了一想最後還是決定收到抽屜裡😆
可能未來的某一天，或許還是有機會拿這些數據來做為參考
發一些小paper也說不定🤔

後來換指導教授的時候，楊副所長跟每個人都做了一對一面談
楊副一開始就跟我推薦胡P，不過因為知道胡P跟我們做的是完全不同的研究
因此一開始有些猶豫，不過後來轉念想想
畢竟如果大家做的研究是相類似的話，那就會變成了競爭關係了😆
另一方面，我其實蠻好奇胡P常常說的“Yes we can”的精神
於是後來就寫email跟胡P聯絡 胡P也很爽快的答應了

後來覺得這個決定頗好的
（雖然對胡P的實驗室的人來說，可能不見得是如此？）
雖然沒有所謂的平行世界
但是胡P確實讓我有一個很好的寫作練習
光是放上paper的實驗結果排序，就花了至少二十多次的修改
寫作也花了至少有二十幾次的改寫

不過我覺得我學到很多
最主要是跳脫出自己原本舊有既定的框框吧🤔
畢竟我們是來做研究，然後來發表我們的發現
如果我們的研究真有其價值，那麼不論如何
投稿會上就是會上，就像我最近去聽張典顯老師的演講一樣
Novelty永遠是最重要的，創造影響力永遠是最重要的

關於投稿，胡P其實蠻尊重我們每個人的投稿意願
至少對我來說是如此
我自己其實蠻喜歡open access的期刊
我認同知識是有價的，但是我覺得
出版社應該只從其中一方收取費用 而非投稿方與讀者都收取費用的方式

另一方面，open access的期刊發表
對我而言應該是個還不錯的優勢
因為不需付出訂閱費用，所有人都可以看到我的研究
這對於我之後的職涯發展，所需要的曝光度
應該多少會有所提升吧🤔
所以我一開始，就選了不少還不錯的open access期刊
而很幸運的，這個gain much more function by loss-of-function的概念
被CR-Medicine的編輯給採用，並且獲得peer reviewer的認可😃

最後，我很感謝胡老師接手之後所做的一切

那幾年的時間，其實我覺得我過得沒有多開心
要不是因為跟牟老師一起做研究覺得很有趣
或許，我可能就會半路離開實驗室了也說不定🤔

後來也發生了很多事情也讓我還蠻鬱鬱寡歡的
也有在想當初是不是提早畢業比較好
不過最後還是堅持下來了，不然就沒有什麼東西
可以證明我跟牟老師，胡P其他人曾經做過的努力了

說來諷刺，自從重新追了新番
開了交友app ，有小姪女一起玩之後
我覺得我好像不用去心理諮商了
雖然最後因為因緣際會之下，還是跟諮商師見了面😆
我覺得不論是跟胡P或是跟諮商師聊天
都讓我有不少正面的想法
跟諮商師聊天也蠻開心的

最近我在想，有什麼樣的方式
可以永久的記錄這一切
如果可以讓牟老師知道這個好消息就好了呢
Rest in Peace.

作為一個小小的紀錄
來分享一下這次投稿的過程，沒有什麼意義
只是來當作日記分享這樣

May 13, 2024 Submit
May 22, 2024 Under review
Jun. 22, 2024 Editorial decision
Aug. 13, 2024 Receipt of revised submission
Sep.11, 2024 Preliminary accepted
Sep.18, 2024 Receipt of 2nd revised submission
Sep.24, 2024 Receipt of 3rd revised submission
Sep.25, 2024 Receipt of 4th revised submission
Sep.26, 2024 Formal accepted
Oct. 22, 2024 Online Publication