2017年1月，投資6500萬美元的寵物專用航廈——「方舟」投入使用。設置該設施的初衷是為運輸寵物或為寵物主人提供一個舒適的犬舍。當時，「方舟」為全美唯一一個專為寵物而設的設施。2018年1月，方舟之所有人指控港務局違反「方舟有權檢查從境外轉運至甘迺迪機場的生物」之條款。在訴訟中，所有人稱由於大批動物被移送到美國農業部設於紐堡的設施，「方舟」蒙受了巨大損失