1979年7月貝克爾因病辭職，遜尼派薩達姆·海珊成為該黨的領袖並接任總統。在薩達姆執政其間對什葉派穆斯林實行嚴酷的獨裁統治，大肆打擊並殺害持不同政見者。在1980年代，薩達姆在美國的支持下與其鄰國伊朗（以什葉派穆斯林為主）進行了長達8年的兩伊戰爭。因為此時伊朗經過伊斯蘭革命以後，成為敵視美國的政教合一國家，美國在兩伊戰爭中軍事支持伊拉克攻打伊朗。