截至2016年，日本為不丹最大的援助來源國，日本對不丹的無償資金援助額達到390.99億日元，技術開發援助額達到211.15億日元，主要援助項目為電網工程。日本在不丹有應對冰川湖崩潰所引發的洪水的援助項目，而不丹水文氣象局局長亦表示，日本的援助有利於減小冰川融化帶來的財產損失。此外，日本科考隊還在喜馬拉雅山脈的不丹段展開了一系列地質考察活動