1992年6月，時任南非國家總統弗雷德里克·威廉·德克勒克訪日，成為首位訪日的南非國家元首。1994年，日本和南非建立全面外交關係，但與此同時，兩國更大的合作空間卻因本國官僚及體制衝突而有所限制。2001年1月，時任日本首相森喜朗訪問南非，成為首位訪問南非的日本政府首腦