傳染性更強的Omicron變異病毒株BA.2亞型卻因為位於油麻地的檢疫酒店香港海景絲麗酒店發生內部交叉感染，形成「檢疫酒店群組」並導致第五波疫情大爆發。「檢疫酒店群組」起因於一名在2021年12月20日抵港的43歲巴基斯坦裔女子於酒店內接受隔離檢疫期間受到同樓層相連房間帶有BA.2的兩名尼泊爾男子交叉感染，她在酒店的21天隔離在1月10日屆滿時，未檢出受到感染，她隨後返回大坑東邨東滿樓的住所，BA.2因而被帶入社區，到1月15日的檢測才出現陽性，與她同住的5名家人，一個居於元州街寶華閣的4人家庭，以及在同一大廈的住戶都受BA.2感染，僅第一代傳播就牽涉12人，病毒亦傳播到美孚百老匯街地利亞修女紀念學校等三所學校，一名居於馬鞍山錦豐苑的監考女教師和多名學生，以及一名居於美孚新邨的幼稚園教師先後確診，

「檢疫酒店群組」更因為巴裔女子的丈夫在葵涌邨的垃圾房拾荒引發超過440名居民染疫。雖然政府在該邨多棟大廈實施圍封強檢或禁足，但未能阻止病毒擴散。1月18日有一名在銅鑼灣的一家寵物店工作的女店員確診Delta變異病毒株，「寵物店群組」出現後政府要求全港有飼養倉鼠的市民同意棄養供漁護署大規模安樂死