到了元日戰爭時，倭寇主要的攻擊範圍在當時臣服於元朝的高麗，由於臣服於元軍的高麗軍隨元世祖忽必烈兩度侵略日本，因此前期倭寇對於朝鮮沿海進行含有報復式的海盜行為。朝鮮史取對馬島、壹岐島、平戶島三地之名，稱為「三島倭寇」（以平戶藩松浦家為核心）。元史和新元史中都有倭寇騷擾元朝杭州的記載。