1998年1月9日出刊的《週刊金曜日》201期、以及翌年的日本暢銷書《什麼東西不能買》（買ってはいけない）都指出正露丸的主要成分木餾油（creosote）帶有毒性和副作用，呼籲大眾不要購買。但也有專家和藥廠指出，有毒的木餾油來自乾餾的煤炭，跟為製作正露丸所乾餾的山毛櫸或松樹並不相同。之前曾有流傳正露丸致直腸癌的言論，但一直未有確實證據顯示，應只是網路謠言，但由於正露丸主要是透過殺菌抑制腹瀉，若非細菌感染性腹瀉則無法透過服用正露丸治癒，其他如習慣性腹瀉，壓力性腸躁症等等腹瀉症狀則應尋求專業醫生協助，不應長期依恃成藥