十四世紀開始，伊斯蘭教開始在菲律賓傳播。1380年，阿拉伯商人在今塔威塔威省建立了菲律賓第一座清真寺。約十六世紀，穆斯林曾於民答那峨島及鄰近島嶼建立蘇祿蘇丹國、拉瑙蘇丹國和馬京達瑙蘇丹國。