後來由於中法戰爭期間法軍封鎖臺灣港口，清朝政府加收釐金稅等因素，澳洲糖商與英國糖商先後退出臺灣市場。當美國開始對進口糖課予重稅後，臺灣糖也失去了美國市場，僅主要出口到香港與日本。而在臺灣割讓給日本之前，全臺灣的糖廍在光緒二十年（1894年）已有1275所