蛇河-黃石熱點是在1600萬年前突然出現的，與附近的哥倫比亞河玄武岩平原（Columbia River Basalt Plain）形成於同一時間。其成因通說是東太平洋的胡安·德富卡板塊（Juan de Fuca）以小角度俯衝到北美板塊的下方，富含水的胡安德富卡板塊溫度較低，替北美板塊隔開了溫度較高的地函。在1600萬年前，由於受重力的牽拉使得俯衝在北美板塊之下的胡安德富卡板塊發生斷裂，沉入地函中。高溫的地函在短時間內填補了胡安德富卡版塊曾經占據的位置。劇烈的溫差導致了在地函上層靠近岩石圈的地方（約130km深）發生了劇烈的局部熱循環。一個形成於地函淺層的地函熱柱，即蛇河-黃石熱點就出現了。