在為SARS負起政治責任辭去台北市政府衛生局局長一職後，邱淑媞回到陽明大學當助理教授；也遇到當時指導老師陳建仁院士全力協助，幫她順利及早完成博士學位，但是她並非就留在學術界。2006年馬英九開始爭取國民黨總統提名和隨後的全國競選時，邱淑媞自願擔任競選團隊發言人，以美麗清新兼醫師的形象重新踏回政壇