涂醒哲和陳建仁在專業下堅持做對的事情常使得他們自己遭受來自臺灣媒體及臺北市政府的批評。例如：涂醒哲堅持不要隨便把SARS訂為法定傳染病，因為原先的防疫手段只要確實執行，就足以阻止SARS；訂為法定傳染病後，醫療系統反而會因通報過多疑似SARS的病患避免犯法，造成不必要的恐慌，並且讓整個醫療系統嚴重超載