遊戲最後
由於過去與未來的世界線碰撞並走向滅亡，劇情需要你犧牲全部寶可夢來拯救世界
你選擇了「我永遠都不會忘記你們」
世界停止毀滅，處於相互並存與遺失的狀態，兩個博士將派遣你去調查太晶影響下的時空歪曲，用他區御三家開始二周目，你重新抓到的寶可夢都無法提高親密度跟親密進化，甚至不聽從指揮，路上寶可夢更頻繁攻擊你以及捕捉率降低。
你選擇了「不...我沒有辦法選擇」
世界毀滅，相對版本的寶可夢跟角色交錯，他版博士需要你去調查太晶影響下的時空裂殘骸，二周目開始，全世界的人將世界毀滅怪罪於你的無能，多數商家跟寶可夢中心不會為你開啟，路上的訓練師會直接攻擊你，部分地圖全毀，融合地圖卻也出現限定寶可夢。

爽二周目導致朱紫又被切割成各自兩個版本，總計四版。
若要收復全國圖鑑必須要有其他三個版本的二周目才有辦法。

如果能做到這樣應該滿有趣的，讓玩家能遊玩的版本更多樣性

應該是不會有這種走向

神奇寶貝素成人限定的遊戲（？） w