1866年，拿破崙三世因國內的抵抗和美國的反對開始逐步從墨西哥撤軍。法軍的撤離對墨西哥皇室是個巨大的觸動。卡洛塔皇后返回歐洲，到處遊說，反對法國撤軍，在巴黎、維也納、羅馬尋求援助。她的努力失敗了，並且從未回到墨西哥。而皇帝拒絕離開他的追隨者。1867年2月，皇帝退守克雷塔羅，並以之為首都。圍困在此數周後，在5月11日試圖突破封鎖線時被捕。他被墨西哥的軍事法庭以顛覆墨西哥共和國的罪名判處槍決。