國立陽明大學與交通大學於去年2月1日正式合併為「陽明交通大學」，2校合併至今僅1年3個多月，但卻鬧出不少風波，包括新生手冊矮化交通名稱事件、識別系統及校徽、校歌難產等亂象。而陽明交大第二屆校務會議代表8月1日上任，代表的產生方式與人選兩校意見分歧，也因此埋下導火線。

陽明交大第二屆校務會議代表8月1日上任，將負責對現任校長林奇宏的校長續任案投票表決，因此會議代表的產生方式非常關鍵；陽明校區教授主張，校務會議的代表應以2校採1：1的比例產生，但因陽明校區教師代表數不夠，所以建議將陽明校區的臨床教師及兼任教師都納入校務會議代表席次，引起交大校區不滿，抨擊陽明校區是以「對等」口號凌駕大學的校務常規。

交大校區教師則認為，名額分配原則應按照學院規模，才不會違反合校精神；並指出正常大學的校務會議代表中，教師代表除保障各學院至少有1名教師代表外，其他名額不分校區、應照學院規模大小、參考比例原則分配由各學院選舉產生，且不應把兼任教師跟臨床教師納進校務會議代表資格中。