就像所有陸地動物，獸孔目被二疊紀-三疊紀滅絕事件嚴重影響，繁盛的麗齒獸類全部滅亡，只有二齒獸類、獸頭類、犬齒獸類的少數物種殘存下來，存活到三疊紀。異齒亞目僅存大型、笨重、草食性的肯氏獸科，牠們與中等大小的犬齒獸類（包括草食性與肉食性）在全世界繁盛持續到三疊紀早期與中期。牠們在三疊紀末期從盤古大陸上逐漸消失，但牠們仍在赤道地帶與南方持續存活一段時期