文革期間，陳忠經的身分讓他飽受打擊，他被視為「敵特」，被打得遍體鱗傷，若非周恩來的保護，他早以「潛伏胡特」之名被殺。文革結束，胡耀邦為他平反，請他出任中共中央調查部顧問、副部長，同時他還一直擔任北京大學國際政治系的客座教授，2009年起因病長期住院直到過世