當時在臺灣經營貿易的國家除了荷蘭，尚有日本人，鑑於日本人的商業競爭，荷蘭台灣長官遂對日本商人課徵十分之一的關稅，引起雙方不滿，甚至發生濱田彌兵衛事件，1628年兩方終止貿易，經過荷蘭方面道歉，又交出得罪日本人的彼得·奴易茲到日本監禁，1632年才又恢復貿易，但日本在不久之後進入日本鎖國時代。除此之外，因為荷日兩方政府對於其所有領地都有司法權執行的權力，為此兩方也發生過衝突。