1897年11月14日，德國以巨野教案為藉口，派其遠東艦隊入侵膠州灣。章高元迫於朝廷禁止開戰的命令，又兼所轄武力不足，故率部撤到附近的後四方村，後來又撤到滄口。11月19日，章高元受德軍要挾赴德軍兵營進行談判，被德軍扣留。12月3日，他被放回。12月17日，他奉令率部全部撤離膠澳，退守煙臺。1898年2月，他遭到免職