情勢逐漸穩定後，潘文杰因其在地方事務上的影響力、人脈及外交手腕，深受當局倚重。1896年，潘文杰協助當局勸導其轄下各部落兒童入恆春國語傳習所豬朥束社分教場就讀，因而促使新式教育逐漸推廣。同年，臺灣總督府民政長官水野遵前往恆春半島巡視並拜訪潘文杰；當時，潘文杰已雙目失明。