中國方面得知李仙得在此事件中扮演關鍵角色。李鴻章上總理衙門〈論日本圖攻台灣〉一函中便指出，日本依賴美國人；促美撤回人員、船隻，即能迫使日本罷兵。於是清廷向美國提出抗議。九月十二日，李仙得前往廈門與清廷談判時，遭到美國水兵逮捕。同年十一月，日軍撤離臺灣，美方遂以李仙得未帶兵為由予以釋放