明世宗即位後，引發大禮議之爭，清除宦官和權臣勢力後總攬朝綱，史稱嘉靖中興。然嘉靖二十一年（1542年）後一心修玄、不問朝政，在位後期平定東南沿海的倭患。雖然在嘉靖年間明朝政府實行海禁，但在中國南部仍然有許多海民入海。他們的船隻都是私造的大船，而且備有武器護航。嘉靖年後期朝廷內部發生黨爭。